新政府の神道国教化政策により、明治4年神宮では神職の世襲制廃止など大改革が行われた。当時、神宮の宮域には民家が建ち並び火災がおこるおそれもあった。そのような中、域内の清浄と美観を守り、かつ倉田山に動物園・植物園・図書館を併設する総合博物館の開設を目的として明治19年に神苑会が発足した。
神苑会は明治22年、有栖川宮熾仁親王を総裁にいただき、明治天皇の御手許金の御下賜を始め全国有志の協賛により、国家的な規模で事業を進めた。

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神苑会は総合博物館の建設を目指していたが、規模が大きすぎたため目標をしぼる必要が生じていた。そこへ明治23年恐慌がおこり、また日清戦争をひかえ寄付金が思うように集まらず、やむなく規模を縮小して明治24年、徴古館の一部としてまず外宮前に農業館を建設した。設立責任者に選ばれたのは日本の博物館の生みの親と言われる貴族院議員で物産学者の田中芳男である。田中は「自然の物産がいかに役に立つか」をテーマに農業を主として林業・水産業などの資料を展観した。

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農業館附属工芸館開館（外宮前）

かつて津公園内にあった三重県物産陳列場の建物と陳列品が三重県より神苑会へ寄付され外宮前に移築・改修し、明治27年、農業館付属工芸館が完成した。

農業館附属工芸館の資料を二見の賓日館に移し仮徴古館とする（徴古館の起源）

明治27年、農業館付属工芸館の陳列品を二見の賓日館に移し、これを仮徴古館と名付けて一般の観覧に供した。

昭和20年7月29日未明の空襲で徴古館と同収蔵庫は被災し、収蔵品の九割を焼失した。昭和23年4月から宇治橋前の参拝者休憩所を仮徴古館としていたが、第59回式年遷宮の附帯事業として昭和28年10月1日、遷宮に合わせて開館した。復旧に当たっては、外壁を活かしつつも内部を鉄筋コンクリートにより補強したうえで2階建てとし、屋根は銅板の寄棟造に改めた。

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昭和59年、収蔵庫・展示室・会議室・事務所等を備えた新館の建設に着手、同60年11月9日、本館に準拠して外壁に御影石(花崗岩)を用いた新館が竣功。

老朽化が懸案事項であった農業館は、その所在地に平成5年斎行の第61回式年遷宮の附帯事業として美術館を建設することになったことから、平成元年8月31日に一旦閉館、平成8年3月28日、徴古館北西の現在地に凹型に縮小のうえ移設された。

平成26年8月26日、徴古館本館の耐震補強工事のため農業館とともに休館、同27年10月30日に開館式を挙行、翌31日に再開館。この時、明治42年の開館以来の右翼口(向かって左口)からの入館を中央口に変更。館内1階中央奥の旧貴賓室を催事室とし、1階・2階の左廊と右廊には各々4所の展示室、1階右廊2室には第62回式年遷宮後に解体された外宮御饌殿の正面部分を移設復原。1階には大型列品を展示するためのケースも新造し、新館を別館と改称。
神宮徴古館リニューアルオープンに併せて倭姫宮を含む倉田山地域を市民の憩いの広場として整備し、「倭姫文化の森」と命名。

平成10年、両館は明治時代の建築物の代表的遺構として国の登録有形文化財となった。